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  • Webで実践 生物学情報リテラシー 1301
Webで実践 生物学情報リテラシー
広川貴次(産業技術総合研究所)
美宅成樹(名古屋大学名誉教授)
約200頁
B5  並製
定価 4,180 円 (本体3,800 円+税)
ISBN 978-4-521-73772-0
発売日 2013/08

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『できるバイオインフォマティクス』の改訂版。
前著発刊からの11年間で飛躍的に発展した生物科学の情報を,パソコンやタブレット端末で収集・活用する方法を基礎から学べる。豊富な図版や画像で,初心者にもわかりやすく解説。
すでに薬学への応用が実現している最新事情を紹介し,読者もWebで創薬を試みることができる。生物情報のデータベースとソフトウェアツールを自在に扱えるようになる本。

サンプルページ M2PLUS

関連書籍


  • できるバイオインフォマティクス
  • 即活用のためのバイオインフォマティクス入門

目次


1 分子生物学データベースを利用してみよう
 実習の前に
  分子生物学データベースの基礎知識
  分子生物学データベース
  パスウェイデータベース
 実習
  実習1 タンパク質配列データ取得
  実習2 タンパク質立体構造データ検索
  実習3 遺伝子情報の検索
  実習4 ゲノム種別配列の取得
 参考文献および関連サイト

2 配列を比較してみよう
 実習の前に
  配列を比較する意味
  配列を比較する方法
  生物学的意味を持つ文字(アミノ酸残基)置換
  相同性配列検索
  多重配列アラインメント
  系統樹解析
 実習
  実習1 相同性配列検索
  実習2 多重配列アラインメント
  実習3 プライマー設計
 参考文献および関連サイト

3 タンパク質の立体構造を予測してみよう
 実習の前に
  タンパク質立体構造予測
  予測構造の評価
  タンパク質−タンパク質複合体予測
 実習
  実習1 ホモロジーモデリング法
  実習2 タンパク質−タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測
  実習3 タンパク質折りたたみ体験
 参考文献および関連サイト

4 文献データベースを活用してみよう
 実習の前に
  Entrez:分子生物学データ統合検索システム
 実習
  実習1 指定した論文の検索
  実習2 Advanced機能による検索
  実習3 MeSH項を利用した広域論文の検索
  実習4 My NCBIによる個人設定
 参考文献および関連サイト

5 配列情報からタンパク質の機能を予測してみよう
 実習の前に
  遺伝子オントロジー
  モチーフデータベース
  モチーフの表現方法
  膜貫通領域の推定
  シグナルペプチドの予測
  細胞内局在予測
 実習
  実習1 モチーフ検索
  実習2 シグナルペプチド予測
  実習3 細胞内局在予測
  実習4 膜タンパク質予測
 参考文献および関連サイト

6 立体構造情報からタンパク質の機能を予測してみよう
 実習の前に
  タンパク質の立体構造情報と機能
  立体構造モチーフ
  タンパク質の折りたたみ様式
 実習
  実習1 活性ポケット候補部位探索
  実習2 リガンド結合および活性部位予測
  実習3 静電ポテンシャル解析
 参考文献および関連サイト

7 ゲノムデータを閲覧してみよう
 実習の前に
  ゲノム地図の作成と塩基配列の決定
  ゲノム配列を調べる
  ゲノムデータの閲覧ツール:ゲノムブラウザ
  これからのゲノム解析
 実習
  実習1 ゲノムプロジェクト検索
  実習2 遺伝子検索
 参考文献および関連サイト

8 生物情報をネットワークで眺めてみよう
 実習の前に
  生体ネットワークの種類と表現方法
  ネットワークの解析方法:次数分布とスケールフリー性
  ネットワークの解析方法:クラスター係数
 実習
  実習1 代謝データベース検索
  実習2 化合物、遺伝子情報検索
  実習3 ネットワークの可視化と編集
 参考文献および関連サイト

9 創薬研究に情報科学を活用してみよう
 実習の前に
  LBDDとSBDD
  LBDDによるインシリコスクリーニング
  SBDDによるインシリコスクリーニング
 実習
  実習1 化合物類似性検索
  実習2 タンパク質と化合物のドッキング計算
 参考文献および関連サイト

10 生物情報リテラシーに残された課題
  生物情報に対する研究の歩み
  バイオインフォマティクスの残された課題
  問題解決への仮説
  仮説を裏付ける若干の証拠
 参考文献および関連サイト

付録 バイオインフォマティクス関連webサイト

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