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  • フリーソフトRを使ったらくらく医療統計解析入門-すぐに使える事例データと実用Rスクリプト付き 1468
フリーソフトRを使ったらくらく医療統計解析入門-すぐに使える事例データと実用Rスクリプト付き
大櫛陽一(東海大学名誉教授/大櫛医学情報研究所)
約200頁
B5判
定価 4,400 円 (本体4,000 円+税)
ISBN 978-4-521-74364-6
発売日 2016/02

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無料ながら機能が豊富である「フリーソフトR」は,実行するために「スクリプト」を記述する必要があり,「難しい」という印象を与えている.
本書は統計に必要なスクリプトをあらかじめ準備し,そのスクリプトからRを実行でき,初学者でも非常に取り組みやすい.
さらに豊富な事例データをもとに,2群の比較から分散分析,多変量解析など,医療統計で使われる検定を具体的に学習できる.

本書のご購入者には,Mac版Rのインストールと使い方などを解説した「特別付録」,Mac版用のRスクリプトと事例データも,以下のURLからダウンロードできるようになりました.
R(バージョン3.4.1~3.5.0)をお使いの場合の注意点を追加しました.
https://www.nakayamashoten.jp/r/

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目次


はじめに

序章 統計ソフトRのインストールと使い方
 A Rの特徴と動作環境
 B Rのインストール
  1.Rスクリプト・R_dataのダウンロード
  2.Rのインストール
 C Rの使い方
  1.Rを走らせる
  2.実習用スクリプトの読み込み
  3.ディレクトリ(フォルダ)の固定方法
  4.実習用スクリプトを使ってみる
  5.スクリプトの修正と保存
  6.終了手順と再開手順

第1章 統計の基礎
 A Rによる統計処理の基礎的知識
  1.「EXCEL」でデータを作成する
   例1.1 データの読み込みと確認
  2.Rでデータセットの読み込み
   1)テキストデータの読み込み
   2)EXCEL ファイルの読み込み
  3.Rでデータセットの確認
  4.Rのデータセットの構造
  5.変数名の明示化(データセットの1 行目を変数名に使える)
  6.ケース(行)の抽出
  7.一部の変数のみを抽出したデータセットを作成
  8.変数の抽出
  9.変数の追加
  10.Rでの注意点
  11.Rの式と関数
  12.統計関数
  13.Rのデータタイプ(型)
 B 記述統計
  1.データの種類
   1)データ
    (1)スケール(間隔・比率尺度)に基づくもの
    (2)順序尺度(順位尺度)に基づくもの
    (3)名義尺度(名目尺度)に基づくもの
    (4)2値データ
   問1.1 次のデータはどの尺度か?
   2)基本統計量
    (1)代表値(中心傾向の測度)
    (2)ばらつきを表す値(ばらつきを表す測度)
   コラム 数式が苦手な人のために
   例1.2 代表値の計算
   例1.3 ばらつきの計算
   例1.4 基本統計量の計算
   問1.2
   3)分布型の話
   問1.3
   4)正規分布
   例1.5 偏差値の使い方
   問1.4
   例1.6 中性脂肪に対する正規性の検定(Shapiro-Wilk検定)
   例1.7 中性脂肪の対数変換とその正規性の検定
   5)不偏推定量
   問1.5
   6)平均値の標準偏差が標準誤差となる理由
   7)グラフ表示
   例1.8 ヒストグラムと箱ひげ図
 C データの収集
  1.対照群の必要性
  2.無作為抽出または無作為割り当てとマッチング
    (1)無作為抽出
    (2)無作為割り当て
    (3)マッチング
   問1.6
   問1.7
  3.無記名アンケートと二重盲検法
  4.層別化
   例1.9 層別化を必要とする例
 D 統計的判断とは
  1.仮説検定
  2.両側検定と片側検定
  3.仮説検定の立て方と検定用統計量
  4.統計処理についての手順と注意
    (1)研究計画とデータの収集
    (2)統計前処理
    (3)統計ソフトの選択
    (4)統計手法の選択
    (5)比較の方法

第2章 2群の比較
 A 母集団と標本との比較
  1.母平均と標本平均の比較(スケールの場合)
   1)正規分布するデータで母SDが既知の場合:Z検定
   2)正規分布するデータで母SDが未知の場合:t検定
   例2.1 母平均と標本平均の比較(1標本t検定)
   問2.1 全国平均との比較(1標本のt検定)
  2.母比率と標本比率の比較(1標本カイ2乗検定)
   1)カイ2乗検定(1標本カイ2乗検定)
   例2.2 母比率と標本比率の比較(1標本カイ2乗検定)
   問2.2 全国比率との比較(1標本のカイ2乗検定)
 B 対応のある2群の比較
  1.正規分布をしている場合:対応のあるt検定
   例2.3 2群の比較:正規分布をしている場合:対応のあるt検定
   問2.3 肥満対策の評価(対応のあるt検定)
  2.符号付き順位和検定(WilcoxonのT検定)
   例2.4 符号付き順位和検定(WilcoxonのT検定)
  3.符号検定(S検定:sign test)
   例2.5 符号検定(S検定:sign test)
 C 独立した標本の比較
  1.母SDが既知で等しい場合:Z検定-1
  2.母SDは既知であるが等しくない場合:Z検定-2
  3.等分散性の検定(F検定)
   1)母分散は未知でF検定で分散が等しいと判断された場合(Student のt検定)
   2)母分散は未知でF検定で分散が等しくないと判断された場合(Welchのt 検定)
   例2.6 F検定の結果によるt検定
   問2.4 身長の男女比較(対応のないt検定)
  4.データが正規分布していない場合の独立した標本の比較:平均ランク検定(Mann-WhitneyのU検定)
   例2.7 Mann-WhitneyのU検定
   問2.5 研修受講率に対する管理職の影響(Mann-WhitneyのU検定)

第3章 関係を調べる
 A 2変量の統計
  1.基本統計量
   1)平方和と積和
   2)修正ずみ平方和と積和
   3)分散と共分散
   4)不偏分散と不偏共分散
 B 順序およびスケール尺度データの統計図表と相関係数および回帰式
  1.クロス集計表と箱ひげ図
   例3.1 関係を示す統計図表
  2.散布図とPearsonの相関係数
   例3.2 散布図と相関係数および回帰式
   問3.1 身長と体重の関係(散布図,相関係数)
  3.Spearmanの相関係数(順位相関係数)
   例3.3 肥満度と循環器判定(クロス集計表とSpearmanの相関係数)
   問3.2 理解能力と表現能力の関係(クロス集計表,順位相関係数)
 C 名義尺度データの統計表と検定
  1.対応のない2群の比率を比較する
   例3.4 避妊教育の性差(2×2表)
   例3.5 肥満と循環器判定の関連性(大きな表)
  2.母比率との比較
   例3.6 性行動比率の過去との比較(母比率との比較)
   コラム 診断精度関係用語
  3.対応のある2群の比率を比較する
   例3.7 授業の効果(対応のある2群の比率を比較)
   問3.3 授業の効果(マクネマーのカイ2 乗検定)
 D ROC 曲線
   例3.8 便潜血検査の有効性(ROC曲線)
   問3.4 体調,腫瘍マーカ,便潜血について大腸がんの診断への有効性(ROC曲線)
   コラム パッケージのインストール方法

第4章 生存率と危険度
 A 生存率
  1.生存率の計算方法:Kaplan-Meier法
  2.生存率曲線の検定
   例4.1 抗がん剤の副作用抑制(生存率曲線と検定)
   問4.1 心臓移植と生存率(生存率曲線と検定)
 B 危険度
  1.前向き研究:コホート調査
   例4.2 喫煙と肺がん(相対リスク)
   問4.2 喫煙と肺疾患のコホート研究(相対リスク)
  2.後ろ向き研究:ケース・コントロール研究
   例4.3 大腸がんと母親のがん既往歴(オッズ比)

第5章 多変量解析
 A 多変量解析とは
  1.多変量データと多変量解析
  2.多変量解析の分類
 B 重回帰分析
  1.重回帰モデル
  2.検定
   例5.1 生物学的年齢予測式(重回帰分析)
 C 多重ロジスティック回帰分析
  1.重回帰分析との違い
  2.多重口ジスティック関数
  3.順序データと名義データの2値化
   1)順序データの2値化
    (1)ダミー変数を使う方法
    (2)科学的根拠や経験により前半と後半に分ける方法
    (3)中央値により前半と後半に分ける方法
   2)名義データの2値化
  4.多重ロジスティック回帰
   例5.2 大腸がんのリスク因子(多重ロジスティック回帰)
 D Cox比例ハザード解析
   例5.3 ライフスタイルと糖尿病発症(Cox比例ハザード回帰)
 E 判別分析
  1.マハラノビスの距離
  2.線形判別式
   例5.4 複数の検査結果からの疾病の診断(線形判別関数)
 F 主成分分析
  1.主成分とは
  2.主成分分析の実際
   例5.5 患者が病院を選ぶ因子(主成分分析)
 G 因子分析
  1.因子負荷量
  2.共通性の推定
  3.因子数の決定
  4.因子軸の回転
  5.因子分析の実際
   例5.6 患者が病院を選ぶ因子(因子分析)

第6章 多群の比較
 A 同時推測
  1.対照群との比較とすべての対の比較
  2.対応のある多群の比較と対応のない多群の比較
  3.なぜ個別の2 群の比較の単純な繰り返しではいけないのか?
 B 独立した多群の比較
  1.一元配置分散分析
   例6.1 赤血球数の年齢間比較(一元配置分散分析)
  2.二元配置分散分析
   例6.2 年代およびストレスレベルの違いによる女性の赤血球数の比較(二元配置分散分析)
  3.Kruskal-Wallis検定
   例6.3 6つの地域間での女性の赤血球数の同時比較(Kruskal-Wallis検定)
  4.Mann-WhitneyのU検定
 C 対応のある標本の比較
  1.反復測定の分散分析
   例6.4 3つの年度間での20歳代女性の赤血球数の対応のある比較(反復測定の分散分析)
  2.Friedman検定
   例6.5 40歳代女性の3つの年度間でのBMIの対応のある比較(反復測定のFriedman検定)
  3.WilcoxonのT検定
   例6.6 ポストホック検定(WilcoxonのT検定とBonferroniの補正)
  4.CochranのQ検定
   例6.7 20歳代男性の健診総合判定変化の同時比較(CochranのQ検定)
  5.McNemarのカイ2乗検定
   例6.8 ポストホック検定(McNemarのカイ2乗検定とBonferroniの補正)

第7章 研究計画法
 A 研究の目的について
 B 研究方法について
  1.ケース・シリーズ研究
  2.断面調査研究
  3.ケース・コントロール研究
  4.コホート研究
  5.自己コントロール試験研究
  6.無作為化試験研究
   1)無作為抽出
   2)無作為割り当て
  7.クロスオーバー試験研究
 C 研究計画の不備で起こる諸問題
  1.脱落によるバイアス
  2.頻度によるバイアス
  3.参加意識差によるバイアス
  4.所属グループによるバイアス
  5.割り当てによるバイアス
 D 統計的判断に必要なデータ数について
  1.プリテスト
  2.計算による必要データ数の推計
  3.統計パッケージを使ったシミュレーションによる必要データ数の推計
  4.標本数の推計支援プログラム
 E 論文の書き方について

付録
 1 統計処理のガイダンス
 2 正規分布の例
 3 算数的判断と統計学的判断
  (1)コインを4 回トスする実験
  (2)箱からボールを20 回取り出す実験
  (3)サイコロを12 回撮る実験
 4 退院患者と入院患者の疾患統計の違い

略解

本書で取りあげたRスクリプト一覧

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